Bir bilgisayar programcısı olan Thomas Anderson aynı zamanda Neo nickname'li çok usta bir "hacker" dır. Ancak siyah takım elbiseli ve gözlüklü adamların yakın takibindedir. Bu takibin nedenini ise karşılaşacağı Morpheus'dan öğrenecektir. Neo, birden kendini Morpheus'un anlattıklarına güvenmek zorunda kaldığı büyük bir komplonun içinde bulacaktır. İçinde yaşadığımızı sandığımız bu dünya tamamiyle aldatıcıdır. Tüm insanlık aslında uzaydan gelen yaratıkların köleleridir. Neo, Trinity ve Morpheus'un da yardımıyla kendilerini bu düzeni yıkmaya adayan bir grubun içine katılır.

İlk filmde, ayakta kalan son adam olan Luc Deveraux (Jean Claude Van Damme) ikinci bölümde; yaşanan olayların üzerinden yıllar geçmiş ve karısı ve kızı ile beraber yaşamaktadır. Hayatına ise; çok güçlü, zeki ve yenilmez bir asker yaratmak için yürütülen özel bir devlet projesinde teknisyen olarak çalışarak devam etmektedir. Bu düzenli yaşam S.E.T.H.'in geliştirilmesiyle değişir. 

Andy'nin tatil için bir kovboy kampına gitmesi sonucunda oyuncakları kendi başlarına kalırlar. Kafasını ilginç oyuncaklar toplamaya takmış Al McWhiggin adlı bir oyuncak koleksiyoncusunun Woody'i kaçırmasıyla birlikte olaylar gelişmeye başlar. Al'ın apartman dairesine götürülen Woody, 1950'lı yılların televizyon şovu "Woody's Roundup"ın ödüllü oyuncakları arasında en değerli koleksiyon parçasının kendisi olduğunun farkına varır. Orada aynı şovun diğer ödüllü oyuncaklarıyla tanışma fırsatını bulur Tanıştığı oyuncaklar arasında kovboy kız Jessie, Bullseye adlı bir at ve Stinky Pete adlı bir maden arayıcısı vardır. Woody'nın kaçırılması üzerine Andy'nın odasındaki diğer oyuncak arkadaşları Mr. Potato Head, Slinky, Dog, Rex ve Hamm duruma el koyarak arkadaşlarını bir müze parçası olmaktan kurtarmak üzere harekete geçerler. Bütün amaçları Andy kovboy kampından dönmeden Woody'ı kurtarmaktır.

Andy'nin tatil için bir kovboy kampına gitmesi sonucunda oyuncakları kendi başlarına kalırlar. Kafasını ilginç oyuncaklar toplamaya takmış Al McWhiggin adlı bir oyuncak koleksiyoncusunun Woody'i kaçırmasıyla birlikte olaylar gelişmeye başlar. Al'ın apartman dairesine götürülen Woody, 1950'lı yılların televizyon şovu "Woody's Roundup"ın ödüllü oyuncakları arasında en değerli koleksiyon parçasının kendisi olduğunun farkına varır. Orada aynı şovun diğer ödüllü oyuncaklarıyla tanışma fırsatını bulur Tanıştığı oyuncaklar arasında kovboy kız Jessie, Bullseye adlı bir at ve Stinky Pete adlı bir maden arayıcısı vardır. Woody'nın kaçırılması üzerine Andy'nın odasındaki diğer oyuncak arkadaşları Mr. Potato Head, Slinky, Dog, Rex ve Hamm duruma el koyarak arkadaşlarını bir müze parçası olmaktan kurtarmak üzere harekete geçerler. Bütün amaçları Andy kovboy kampından dönmeden Woody'ı kurtarmaktır.